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sNuc-seq 使用Nadia 平臺對細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行高通量分析
時(shí)間:2019/6/25 21:54:40 點(diǎn)擊次數(shù):1998

Habib 最近發(fā)表的 “DroNc-Seq” 方法描述了使用細(xì)胞核作為整個(gè)細(xì)胞的代理,以產(chǎn)生數(shù)千個(gè)單核轉(zhuǎn)錄組。這可以對不易分離或固定的細(xì)胞實(shí)現(xiàn)高通量的單細(xì)胞測序。與Drop-Seq 方案類似,用單個(gè)帶有編碼的珠子同單個(gè)核一同封裝在一起(圖1)。珠子的表面分布著含有(dT)30 片段的寡核苷酸,它可以捕獲多腺苷酸化的mRNA,其在乳液破裂后被逆轉(zhuǎn)錄成cDNA。每個(gè)珠子除了帶有唯一的barcode 編碼,還帶有不同的UMI 位點(diǎn)識別編碼,不僅可以識別單個(gè)細(xì)胞或細(xì)胞核,還可以識別來自細(xì)胞或細(xì)胞核的哪個(gè)轉(zhuǎn)錄組結(jié)合位點(diǎn)。與Drop-Seq 方案一樣需要作出權(quán)衡,可以使用較稀濃度的細(xì)胞核和較高濃度的捕獲珠,降低雙細(xì)胞核概率,或者使用較高濃度的細(xì)胞核和捕獲珠,提高捕獲效率,但是會增高雙細(xì)胞核概率。

 


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